La separazione tra Stato e Chiesa può essere vista come la prima fase storica del processo di secolarizzazione e rappresenta una reazione alla stretta unione trono-altare (Stato-Chiesa) tipica dell'ancien régime e ritentata con la restaurazione.

Il protestantesimo è una branca del cristianesimo moderno. Sorta nel XVI secolo in Germania e in Svizzera in contrasto con l'insegnamento della Chiesa cattolica, considerata non solo nella prassi, ma anche nella dottrina non più conforme alla Parola di Dio, a seguito del movimento politico e religioso, noto come riforma protestante, derivato dalla predicazione dei riformatori, fra i quali i più importanti sono Martin Lutero, Ulrico Zwingli, Giovanni Calvino e John Knox, il tutto circa un secolo dopo il tentativo riformatore da parte di Jan Hus nella vicina Boemia e quasi due dopo quello di John Wyclif in Inghilterra. Il Protestantesimo prende origine inizialmente dalla protesta del frate agostiniano Martin Lutero, docente di teologia all'università di Wittenberg. Questi il 31 ottobre 1517, irritato dalla predicazione del frate domenicano Johann Tetzel, pubblicò 95 tesi, elenco di quaestiones da sottoporre a pubblico dibattito su simonia, dottrina delle indulgenze e suffragio dei defunti nel purgatorio, intercessione e culto dei santi e delle loro immagini, che perciò andavano a toccare punti nodali dell'ecclesiologia medievale. La protesta di Lutero, seguita da aspre polemiche tra domenicani e agostiniani, si tramutava in rivolta dopo la minaccia di provvedimenti del 1520, fino alla scomunica papale ed al bando imperiale del 1521, da cui lo salvò il suo principe, Federico III di Sassonia. Col Luteranesimo le varie confessioni protestanti condividono un rifiuto dell'autorità del Papa (considerato ai tempi della Riforma come una sorta di anticristo), del culto di angeli, santi e della Madonna, ma anche un rifiuto del concilio ecumenico, e riconoscono solo alla Bibbia l'autorità suprema in materia di fede (sola scriptura). Dei sacramenti mantengono solo Battesimo ed Eucaristia, anche se coesistono diverse opinioni circa la presenza reale di Cristo nell'eucaristia (si afferma che i Luterani sostengano la consustanziazione in luogo della transustanziazione cattolica). Enfatizzano il sacerdozio di tutti i credenti, mentre viene negato un valore sacerdotale al ministero ordinato. Sostengono che la giustificazione dal peccato originale e la salvezza eterna siano ottenute solo per fede in Gesù Cristo e non tramite le opere umane (principi della sola fide e sola gratia). Il termine "Protestante" nacque in seguito alla lettera di protesta dei principi elettori luterani contro la proclamazione della Dieta di Spira del 1529, in cui l'imperatore cattolico Carlo V del Sacro Romano Impero ribadì l'editto della Dieta di Worms del 1521, che aveva condannato Martin Lutero pervicace come eretico, ingiungendo la restituzione dei beni ecclesiastici da quelli subito incamerati. Tuttavia, il termine è stato usato in molti sensi diversi, spesso come un termine generale per riferirsi al Cristianesimo occidentale riformato e non più soggetto all'autorità papale o patriarcale, comprese varie chiese o congregazioni vecchie e nuove che non fanno parte del movimento protestante originale. A partire dal XVI secolo i Luterani fondarono le loro chiese in Germania e nella Scandinavia, mentre le Chiese calviniste furono costruite principalmente da Zwingli e Calvino in Svizzera e in Francia (Ugonotti), e in Scozia esse lo furono da Knox, promotore del Presbiterianesimo; così come anche in Ungheria e in Polonia vi furono denominazioni locali aderenti alla Riforma. La Chiesa d'Inghilterra, a sua volta, dichiarò l'indipendenza dall'autorità papale nel 1534, dando vita all'Anglicanesimo, senza mutamenti dottrinali o liturgici; ma successivamente, durante il regno di Edoardo VI, veniva influenzata dai valori della Riforma calvinista, che generò in seguito i Puritani. Dopo la breve restaurazione cattolica della regina Maria I d'Inghilterra, chiamata proprio per questo "Maria la sanguinaria", la nazione tornava all'anglicanesimo, ma riformato, con la regina Elisabetta I d'Inghilterra. Importante poi fu l'Anabattismo, predicato dal già luterano Thomas Müntzer ed altri, ma subito combattuto e stroncato dai principi e a cui si rifece il Battismo, il cui primo predicatore fu John Smyth nei primi anni del XVII secolo e che concepiva il loro sacramento solo in età adulta. Altri movimenti di riforma, conosciuti come "Riforma radicale", ebbero luogo anche nell'Europa orientale, come il movimento antitrinitario di Fausto Sozzini e altri, chiamato appunto Socinianesimo, dopo esser stato respinto dai calvinisti svizzeri. Infine, anche il moravianesimo aderì alla Riforma, dalla quale deriverà anche il Pietismo, quest'ultimo nato in seno al Luteranesimo.

La Chiesa ortodossa, talvolta indicata anche come Chiesa ortodossa orientale, Chiesa cristiana d'Oriente o Chiesa cattolica ortodossa, è una comunione di Chiese cristiane nazionali, che sono o autocefale (cioè il cui capo non riconosce alcuna autorità religiosa in terra al di sopra di sé) o autonome (cioè dipendenti da un patriarcato, ma da esso distinte). Delle Chiese autocefale, nove sono patriarcati, storici o moderni. Come è indicato nelle pubblicazioni del Dipartimento di Statistiche delle Nazioni Unite, le denominazioni usate dai vari stati per indicare le religioni non sono uniformi. Così i cattolici sono identificati come "cattolici" in Portogallo, ma "cattolici romani" in Germania, e il termine "ortodosso", che in Etiopia indica soprattutto appartenenza alla Chiesa ortodossa etiope, una delle Chiese ortodosse orientali, in Romania indica soprattutto l'essere membri della Chiesa ortodossa romena, una delle Chiese che in inglese e tedesco sono anch'esse chiamate orientali (usando però Eastern, un vocabolo distinto da Oriental, anche se sinonimo), ma che in lingue che non dispongono di una simile coppia di sinonimi sono chiamate bizantine o calcedonesi. Queste ultime lingue attualmente riservano l'aggettivo "orientali" per le Chiese che non accettano il Concilio di Calcedonia.La Chiesa ortodossa, erede della cristianità dell'antico Impero romano, ridotto poi in quello chiamato dagli storici l'Impero bizantino, è ora suddivisa negli antichi quattro Patriarcati storici di Costantinopoli, Alessandria, Antiochia e Gerusalemme della Pentarchia (senza il quinto, d'Occidente) e in diverse altre chiese autocefale (delle quali non tutte si chiamano patriarcati). Essa ritiene che solo al proprio interno, quindi in via esclusiva, sussista la continuità della Chiesa universale fondata da Gesù Cristo (proprio come lo ritiene, da parte sua, la Chiesa cattolica romana).