Sono inoltre presenti nella regione Toscana siti di interesse comunitario, località di rilevante interesse ambientale in ambito CEE riferiti alla regione biogeografica mediterranea". Le località, definite con l'acronimo SIC, sono state proposte sulla base del Decreto 25/3/2005, pubblicato sulla Gazzetta Ufficiale della Repubblica Italiana n. 157 dell'8 luglio 2005 e predisposto dal Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare ai sensi della direttiva CEE . Nel 2009 la Giunta Regionale Toscana ha deliberato la designazione di 7 nuovi SIC .

Le riserve naturali regionali sono aree naturali protette costituite da aree terrestri, fluviali, lacustri o marine che contengano una o più specie naturalisticamente rilevanti della fauna e della flora, ovvero presentano uno o più ecosistemi importanti per la biodiversità biologica o per la conservazione delle risorse genetiche. La valenza degli elementi naturalistici presenti le colloca tra le riserve regionali. Attualmente l'EUAP (6º aggiornamento del 2010) prevede 365 riserve naturali regionali che coprono una superficie di ca. 230 000 ettari a terra e ca. 1300 ettari a mare. L'elenco che segue include anche altre riserve naturali regionali non incluse nell'EUAP.

La riserva naturale Pigelleto è un'area naturale protetta situata nel comune di Piancastagnaio, in provincia di Siena. La riserva è stata istituita nel 1996 e occupa una superficie di 862 ettari.

Il Museo delle miniere di mercurio del Monte Amiata è un museo situato nel centro storico di Santa Fiora (GR), all'interno del Palazzo Sforza Cesarini.