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In biologia, per specie alloctona o specie aliena si intende una qualsiasi specie vivente (animale, vegetale o fungo) che, a causa dell'azione dell'uomo (intenzionale o accidentale), si trova ad abitare e colonizzare un territorio diverso dal suo areale storico, autosostenendosi riproduttivamente nel nuovo areale. Alcune volte viene impiegato anche il termine di specie naturalizzata o specie spontaneizzata (specialmente nel caso di vegetali). Quando la specie alloctona, per le sue elevate capacità competitive, compromette gli ecosistemi originari, si parla di specie alinea invasiva.

La specie è alla base della classificazione degli organismi viventi, trattandosi del livello tassonomico obbligatorio gerarchicamente più basso. La scelta di un criterio univoco e universale per identificare le specie è però difficile, soprattutto in quanto esse sono entità non statiche, ma che si modificano nel tempo e nello spazio e, pertanto, ciò che osserviamo è un momento di un processo evolutivo che è in realtà continuo; da qui la difficoltà a creare confini certi e di conseguenza l'incertezza nella definizione. Quello di specie è un concetto multidimensionale sotto il quale ricadono varie definizioni che dipendono dall'aspetto che si considera: la specie può essere dunque biologica, morfologica, tipologica, cronologica e filofenetica.

L'origine delle specie è una tra le opere cardine nella storia scientifica e, senza dubbio, una delle più eminenti in biologia, scritta dal naturalista inglese Charles Darwin. Pubblicata per la prima volta il 24 novembre 1859, in essa Darwin spiegava la sua teoria dell'evoluzione, riportandovi le osservazioni che egli stesso aveva compiuto durante una spedizione, secondo cui «gruppi» di organismi di una stessa specie si evolvono gradualmente nel tempo attraverso il processo di selezione naturale, un meccanismo che venne reso noto per la prima volta a un pubblico non specialistico proprio grazie a questo libro. L'opera contiene dettagliate prove scientifiche che l'autore ebbe il tempo di accumulare sia durante il secondo viaggio del HMS Beagle nel 1831, sia al suo ritorno, preparando diligentemente la sua teoria e, contemporaneamente, rifiutando quella più in voga fino a quel tempo, il creazionismo, che ritiene le specie come il frutto della creazione di Dio e quindi perfette ed immutabili. Il libro risultò accessibile anche ai non specialisti e suscitò da subito un grande interesse.

Le specie invasive in Italia sono specie aliene di animali, vegetali e funghi che sono riuscite ad adattarsi in maniera eccellente a specifici habitat interni al territorio nazionale causando danni all'ecosistema e/o alle popolazioni umane.

Con il termine specie chimica si indica in generale una qualsiasi struttura di natura chimica, a prescindere dal numero di entità molecolari (ad esempio atomi o molecole) che la compongono. Dunque un insieme di un numero imprecisato di entità molecolari dello stesso tipo costituisce una specie chimica.Una determinata specie chimica è definita se sono definite la natura, la proporzione e la disposizione degli elementi chimici che la compongono.

Le piante (Plantae Haeckel, 1866) sono organismi uni o pluricellulari, eucarioti foto-aerobici, con cloroplasti di origine endosimbiotica primaria. Vi sono più di 400 000 specie di piante catalogate. Sono piante gli alberi, gli arbusti o cespugli, le erbe, i rampicanti, le succulente, le felci, i muschi, alghe verdi e molti altri ancora. La maggior parte delle piante sono incluse nel gruppo delle Angiosperme, con circa 250 000 specie, che si distinguono dagli altri gruppi per la produzione di fiori, seguita, dopo l'impollinazione, dalla formazione di semi racchiusi e protetti all'interno di un frutto. Le branche della biologia più importanti che si occupano dello studio delle piante sono la botanica per la sistematica e l'anatomia, la fisiologia vegetale per il loro funzionamento e l'ecologia vegetale, che studia la distribuzione delle piante e l'effetto dei fattori ambientali che influenzano tale distribuzione, nonché le interazioni tra le piante e gli altri organismi.