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Il Museo del tesoro della basilica di San Francesco, è una raccolta d'arte sacra esposta in due sale del Palazzo Nord del Sacro Convento di Assisi, con accesso dal primo piano del rinascimentale Chiostro di Sisto IV, a ridosso dell'abside della celebre basilica che custodisce le spoglie del Poverello. Dal 1986 il Museo ospita la collezione F. M. Perkins comprendente le opere donate all'Ordine dei frati minori conventuali dal critico d'arte americano, terziario francescano, morto ad Assisi nell'ottobre 1955. Il Museo aderisce all'Associazione Musei Ecclesiastici Italiani (AMEI) e alla Rete museale ecclesiastica umbra

Il Museo archeologico nazionale dell'Umbria - MANU è un museo archeologico con sede a Perugia in piazza Giordano Bruno. Dal dicembre 2014 il Ministero per i beni e le attività culturali lo gestisce tramite il Polo museale dell'Umbria, nel dicembre 2019 divenuto Direzione regionale Musei.

La Galleria nazionale dell'Umbria è un museo statale italiano con sede nel Palazzo dei Priori di Perugia. Conserva la maggiore raccolta di opere dell'arte umbra ed alcune tra le più significative opere dell'arte dell'Italia centrale, dal XIII al XIX secolo. È di proprietà del Ministero per i beni e le attività culturali, che dal 2014 la ha annoverata tra gli istituti museali dotati di autonomia speciale.

Il complesso museale di San Francesco a Montone, ospitato presso la chiesa di San Francesco, è costituito dalla pinacoteca e dal museo etnografico "Il Tamburo Parlante".