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I protisti (o protoctisti) sono un regno di organismi eucarioti, un gruppo eterogeneo e polifiletico di organismi, in cui si includono gli eucarioti che si possono considerare non appartenenti ai regni animali, piante o funghi. Haeckel propose di inserire questi organismi nel regno Protoctista o Protista, un raggruppamento che oggi appare come parafiletico: gli organismi classificati come tali non hanno infatti un recente antenato in comune e hanno in comune un'organizzazione abbastanza semplice (unicellulare o multicellulare senza tessuti altamente specializzati). Quindi il regno dei protisti è una categoria per tutti gli organismi non inseribili in altri regni. Attualmente, anche alla luce di recenti studi di filogenesi molecolare, si sta cercando di abbandonare tale categoria per seguire criteri più oggettivi.

Gli animali (Animalia Linnaeus, 1758) o metazoi (Metazoa Haeckel, 1874) sono un regno del dominio degli eucarioti, comprendono in totale più di 1 800 000 specie di organismi classificati, presenti sulla Terra dal periodo ediacarano; il numero di specie via via scoperte è in costante crescita, e alcune stime portano fino a 40 volte superiore la numerosità reale; delle 1,5 milioni di specie animali attuali, 900 000 sono appartenenti solo alla classe degli Insetti.Sono inclusi nel regno animale tutti gli eucarioti con differenziamento cellulare, eterotrofi e mobili durante almeno uno stadio della loro vita. Inoltre gli animali, con poche eccezioni, sono eterotrofi, cioè consumano materiale organico, respirano ossigeno, sono capaci di movimento e crescono a partire da una sfera cava di cellule, la blastula, durante lo sviluppo embrionale. Il regno animale raggruppa i propri appartenenti in categorie tassonomiche definite dal sistema di classificazione scientifica. La disciplina biologica che studia gli animali viene detta zoologia. Nel linguaggio comune, a causa dell'antropocentrismo, viene a volte utilizzato erroneamente il termine animale per riferirsi solo a quelli che non sono esseri umani, sebbene anche questi ultimi siano animali. La locuzione corretta in quel caso è invece animali non umani.

Le piante (Plantae Haeckel, 1866) sono organismi uni o pluricellulari, eucarioti foto-aerobici, con cloroplasti di origine endosimbiotica primaria. Vi sono più di 400 000 specie di piante catalogate. Sono piante gli alberi, gli arbusti o cespugli, le erbe, i rampicanti, le succulente, le felci, i muschi, alghe verdi e molti altri ancora. La maggior parte delle piante sono incluse nel gruppo delle Angiosperme, con circa 250 000 specie, che si distinguono dagli altri gruppi per la produzione di fiori, seguita, dopo l'impollinazione, dalla formazione di semi racchiusi e protetti all'interno di un frutto. Le branche della biologia più importanti che si occupano dello studio delle piante sono la botanica per la sistematica e l'anatomia, la fisiologia vegetale per il loro funzionamento e l'ecologia vegetale, che studia la distribuzione delle piante e l'effetto dei fattori ambientali che influenzano tale distribuzione, nonché le interazioni tra le piante e gli altri organismi.