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La basilica superiore di San Francesco d'Assisi è una delle due strutture che compongono la basilica di San Francesco ad Assisi, assieme alla basilica inferiore. Vi si accede dalla piazza superiore di San Francesco d'Assisi.

La basilica di San Francesco si trova ad Assisi, è il luogo che dal 1230 conserva e custodisce le spoglie mortali del santo serafico. Voluta da Papa Gregorio IX quale specialis ecclesia, venne insignita dallo stesso Pontefice del titolo di Caput et Mater dell'Ordine minoritico e contestualmente affidata in perpetuo agli stessi frati. Fa parte delle proprietà non extraterritoriali della Santa Sede. Nella complessa storia che ha segnato l'evoluzione dell'Ordine, la basilica (e l'annesso Sacro Convento) fu sempre custodita dai cosiddetti "frati della comunità", il gruppo che andò in seguito a costituire l'Ordine dei Frati Minori Conventuali. Presso la Chiesa sepolcrale della Basilica dove fu eretto l'altare sulla tomba del Santo, il 19 novembre 1585, il papa francescano Sisto V, con la bolla Supernae dispositionis istituiva l'Arciconfraternita dei Cordigeri. Nel 1754 Benedetto XIV l'ha elevata alla dignità di Basilica patriarcale (dal 2006 "Basilica papale") e Cappella papale. Nell'anno 2000, insieme ad altri siti francescani del circondario, la basilica è stata inserita nella Lista del patrimonio dell'umanità dell'UNESCO.

La basilica inferiore di San Francesco d'Assisi è una delle due strutture che compongono la basilica di San Francesco ad Assisi, assieme con la basilica superiore. Dotata di cripta (in cui si trovano le spoglie del santo e dei suoi più stretti confratelli) e affrescata splendidamente da alcuni dei più grandi artisti del Trecento italiano, vi si accede dalla piazza inferiore di San Francesco, attraverso un portale che immette, a causa della pendenza del colle, nel lato sinistro della navata.

La cappella di San Martino è la prima cappella a sinistra nella basilica inferiore di San Francesco d'Assisi. Voluta e finanziata dal cardinale Gentile Partino da Montefiore, fu interamente affrescata da Simone Martini nel 1313-1318. Il suo ciclo di affreschi è una delle opere più significative del maestro senese.

Gli affreschi della Galleria Farnese, un ambiente di Palazzo Farnese a Roma, sono un'opera di Annibale Carracci portata a compimento, in più riprese, tra il 1597 e il 1606-1607. Alla realizzazione degli affreschi contribuirono anche Agostino Carracci, fratello di Annibale, e, successivamente, alcuni allievi dello stesso Annibale, tra i quali il Domenichino.