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Il Museo di storia naturale dell'Accademia dei Fisiocritici (conosciuto anche con l'acronimo di MUSNAF) costituisce parte integrante dell’Accademia, insieme alla Biblioteca e all’Archivio storico, ed è collocato dal 1816 nell’ex convento di Santa Mustiola, appartenuto all’ordine camaldolese e risalente al XII secolo. Il museo riveste un ruolo primario nella realizzazione degli scopi istituzionali dell’Accademia, quali la divulgazione della scienza e la promozione della tutela dell’ambiente. È articolato in quattro sezioni principali (geologica, zoologica, anatomica e botanica) e in una serie di raccolte minori. Le collezioni in esposizione sono situate per la maggior parte sui due piani delle gallerie del chiostro che circonda una corte in cui si trova un pozzo risalente alla fine del XVI secolo; altre raccolte si trovano in alcune sale del piano terreno e nei locali del seminterrato. Il fascino di un criterio ostensivo ottocentesco è mantenuto inalterato dalla sistemazione delle collezioni in antiche vetrine, tale da rendere adeguata la definizione di “museo nel museo”. Grazie alla provenienza prevalentemente regionale delle collezioni, il museo può essere definito una “finestra” da cui osservare la storia naturale della Toscana meridionale.