La questione dell'origine dei popoli Hutu e Tutsi è un problema centrale nello studio della storia del Burundi e del Ruanda e, in generale, della Regione dei Grandi Laghi africani. In questi paesi, gli Hutu rappresentano la maggioranza etnica, ma i Tutsi costituiscono l'élite economica e sociale. Tradizionalmente, i Tutsi sono stati identificati come i discendenti di un popolo distinto (anche geneticamente), giunto nella regione in tempi successivi e impostosi sulle popolazioni indigene; il Corno d'Africa viene spesso indicato come possibile area d'origine di questa migrazione. La rivalità fra questi due gruppi ha avuto la sua espressione più evidente nel genocidio ruandese del 1994, che ebbe in parte le caratteristiche di un'operazione di pulizia etnica perpetrata dagli Hutu ai danni dei Tutsi. Nonostante la diffusione dell'idea di Hutu e Tutsi come etnie distinte con origini diverse, non vi sono prove conclusive a conferma di questa tesi.