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La storia della peste comprende tre grandi pandemie che hanno colpito gli umani a cui gli storici e paleopatologi attribuiscono, non senza alcuni pareri discordanti, la responsabilità al batterio Yersinia pestis agente eziologico della peste. Poiché anticamente il termine “peste” è stato utilizzato per indicare genericamente una “sventura”, una “rovina”, vi è il dubbio se attribuire molte epidemie del passato allo Yersinia pestis o ad altri agenti patogeni. Per esempio è stato suggerito che la celebre peste di Atene, raccontata da Tucidide e che colpì la città nel 430 a.C., sia stata in realtà un'epidemia di vaiolo. Altre probabilmente potrebbero essere state causate dalla varicella o dal morbillo.Come detto, nonostante alcuni dubbi sollevati, grazie allo studio dei documenti storici e analisi di paleopatologia, oggi (inizi del XXI secolo) si ritiene che il batterio Y. pestis, sia stato il responsabile, lungo la storia umana, di tre grandi pandemie che hanno procurato milioni di vittime (si parla di circa 200 milioni anche se è una cifra incerta). La prima di esse fu la peste di Giustiniano che si diffuse da Costantinopoli a tutti i paesi che si affacciano sul Mar Mediterraneo nel VI secolo, la seconda è conosciuta come peste nera arrivò dall'Asia e dilagò in Europa intorno alla metà del XIV secolo per poi ripresentarsi ad intermittenza per oltre tre secoli, mentre la terza ebbe inizio in Cina durante la metà del XIX secolo. Si ipotizza, inoltre, che ognuna di queste pandemie sia da attribuire ad una diversa variante biochimica dello Y. pestis, rispettivamente quella denominata Antiqua (ancora presente in Africa e Asia centrale), Medievalis (oggi solo in Asia centrale) e Orientalis (distribuita oggi globalmente).