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Il Museo nazionale ferroviario di Pietrarsa è un museo ferroviario ubicato tra Napoli (quartiere di San Giovanni a Teduccio) e Portici. Il complesso è posto tra il mare e la stazione ferroviaria di Pietrarsa-San Giorgio a Cremano. Il museo è gestito dalla Fondazione FS Italiane delle Ferrovie dello Stato Italiane.

Il Museo nazionale di Capodimonte è un museo di Napoli, ubicato all'interno della reggia omonima, nella località di Capodimonte: ospita gallerie di arte antica, una di arte contemporanea e un appartamento storico. È stato ufficialmente inaugurato nel 1957, anche se le sale della reggia hanno ospitato opere d'arte già a partire dal 1758. Conserva prevalentemente pitture, distribuite largamente nelle due collezioni principali, ossia quella Farnese, di cui fanno parte alcuni grandi nomi della pittura italiana e internazionale (tra cui Raffaello, Tiziano, Parmigianino, Bruegel il Vecchio, El Greco, Ludovico Carracci, Guido Reni), e quella della Galleria Napoletana, che raccoglie opere provenienti da chiese della città e dei suoi dintorni, trasportate a Capodimonte a scopo cautelativo dalle soppressioni in poi (Simone Martini, Colantonio, Caravaggio, Ribera, Luca Giordano, Francesco Solimena). Importante anche la collezione di arte contemporanea, unica nel suo genere in Italia, in cui spicca Vesuvius di Andy Warhol. Nel 2017 il museo ha fatto registrare 262 440 visitatori, collocandosi al 28º posto fra i 30 musei statali più visitati.

Il Real Museo Mineralogico fu istituito nel 1801 da re Ferdinando IV di Napoli. Fu il primo istituto nel suo genere in Italia. Aveva sede nella ex Biblioteca del Collegio Massimo dei Gesuiti, dove tuttora è ospitato. Numerosi importanti studiosi vi hanno operato, fra cui Matteo Tondi, Carminantonio Lippi, Arcangelo Scacchi e Ferruccio Zambonini. Nel 1845, il Museo ospitò il VII Congresso degli Scienziati Italiani, che vide la partecipazione di ben milleseicentoundici scienziati.Il Museo conserva circa 30.000 campioni, tra i quali alcuni molto rari per dimensioni o bellezza e oggi fa parte del Centro musei delle scienze naturali e fisiche dell'Università Federico II.

Il Museo archeologico nazionale di Napoli (MANN) è un museo statale italiano. In virtù del suo ricco e pregevole patrimonio di opere d'arte e manufatti, disposti su una superficie espositiva di 12.650 m², è considerato uno dei più importanti musei archeologici al mondo, se non il più importante per quanto riguarda l'arte romana. Il museo è costituito da collezioni private acquisite o donate alla città nel corso dei secoli, quali le collezioni Borgia, Santangelo, Stevens, Spinelli. I nuclei principali sono tre: la collezione Farnese, formata da reperti di Roma e dintorni e trasferita a Napoli nel '700; le collezioni pompeiane, in larga parte borboniche, con reperti provenienti dall'area vesuviana; la collezione egizia, al terzo posto al mondo per importanza dopo quelle del museo egizio del Cairo e del museo egizio di Torino.Gli importanti lavori di restauro e di ristrutturazione dell'edificio avviati nel 2012 consentiranno la realizzazione di una riorganizzazione globale delle collezioni secondo criteri espositivi nuovi, permettendo inoltre che alcune raccolte rimaste escluse dalla visita per decenni, possano trovare definitiva sistemazione dentro l'edificio. I reperti da molto tempo non più esposti al pubblico riguardano la numismatica ed una ricca parte della statuaria pompeiana: si stima che i pezzi in deposito siano in quantità tre volte superiore rispetto a quelli esposti e che gli stessi occupino allo stato attuale tre livelli dei sotterranei del palazzo ed un piano del sottotetto. Il museo è ospitato nel palazzo degli Studi, costruito nel 1585 come caserma di cavalleria; l'edificio ha una certa rilevanza architettonica, essendo uno dei più imponenti palazzi monumentali di Napoli. Inoltre insiste sull'area della necropoli di Santa Teresa, area sepolcrale dell'antica Partenope. Dal 2005 nella sottostante stazione della metropolitana "Museo" è stata aperta la stazione Neapolis, in cui piccoli ambienti che si succedono tra loro espongono i reperti archeologici rinvenuti durante gli scavi della metro ed entrati a far parte del patrimonio museale. È di proprietà del Ministero per i beni e le attività culturali, che dal 2014 lo ha annoverato tra gli istituti museali dotati di autonomia speciale.