Claudio Abbado firma il primo contratto discografico col gruppo Universal, nel 1966. La sua carriera discografica si può suddividere in tre fasi: La prima fase, dal 1966 fino al 1986, nella quale si affida principalmente all'Orchestra del Teatro alla Scala per le registrazioni di opere e alla London Symphony Orchestra per le registrazioni di musica sinfonica. Il repertorio toccato in questo periodo comprende l'opera italiana (Gioachino Rossini e Giuseppe Verdi, soprattutto), musica del XX secolo (Paul Hindemith, Alban Berg fra gli altri), con una preferenza per la musica francese (Maurice Ravel soprattutto, ma anche Hector Berlioz e Georges Bizet) e slava (Modest Mussorgskij e Sergei Prokofiev). Le eccezioni in questo panorama curiosamente poco "germanico" sono: l'integrale delle sinfonie di Felix Mendelssohn (registrate nel 1985) ed i concerti per pianoforte di Mozart. La seconda fase (dal 1986 al 2000) coincide con lo spostamento a Vienna e la successiva direzione artistica a Berlino. Da questo momento in poi il repertorio di Abbado si rivolge con grande approfondimento alla musica tedesca: due integrali delle sinfonie di Beethoven (1986-89 e 2000); una di Brahms; una sola, e per di più ibrida, delle sinfonie di Gustav Mahler (ma ben 20 registrazioni delle sue sinfonie); una di Franz Schubert. In generale il baricentro dei suoi interessi musicali sembra decisamente più mirato sulla musica romantica tedesca, da lui in verità appena sfiorata nel ventennio precedente. Con la fondazione del festival Wien Modern nel 1988, si crea l'occasione per proporre con continuità autori di musica moderna o contemporanea (György Ligeti, Luigi Nono ma anche autori davvero poco noti, come Wolfgang Rihm). Le orchestre più utilizzate sono, ovviamente, i Wiener Philharmoniker ed i Berliner Philharmoniker per la musica sinfonica; gli stessi Wiener e l'Orchestra della Staatsoper di Vienna, per le registrazioni operistiche. La terza fase, che coincide con la malattia e l'abbandono della direzione dei Berliner Philharmoniker, vede un notevole diradarsi della sua attività discografica: svincolato dagli obblighi contrattuali berlinesi, sceglie con oculatezza il repertorio da affrontare. Prosegue nell'integrale mahleriana, registra la celebre integrale delle sinfonie di Beethoven su spartiti originali, aggiunge pochi titoli (ma di sicuro appeal) al suo repertorio operistico: Il flauto magico e il Don Giovanni di Mozart ed il Falstaff di Verdi. A questo si devono aggiungere recital dei cantanti coi quali ha instaurato un rapporto privilegiato, come Bryn Terfel. in questo periodo si affida sempre più spesso alla Mahler Chamber Orchestra, oltre che ai Berliner Philharmoniker.Fra le punte più alte della sua produzione si possono ricordare il recentissimo ciclo beethoveniano realizzato - dopo un periodo di malattia - con degli irriconoscibili Berliner, assottigliati in una formazione quasi da camera. Accanto a Beethoven (2 volte: coi Wiener Philharmoniker nel 1986-89 e coi Berliner Philharmoniker nel 2000) vanno ricordate le integrali delle opere di Mahler, Mendelssohn, Schubert, Ravel (con la London Symphony Orchestra) e Pëtr Il'ič Čajkovskij, Prokof'ev (con la London Symphony Orchestra), Dvorák, senza dimenticare le fondamentali registrazioni operistiche. Un capitolo va infine dedicato ad i Concerti per pianoforte n. 1 Sz.83 e 2 Sz.95 di Bartok con Maurizio Pollini e la Chicago Symphony Orchestra vincitori del Grammy Award per la Miglior interpretazione solista di musica classica con orchestra nel 1980, ai Kammermusik Nr. 1, Nr. 4, Nr. 5 di Hindemith con i Berliner Philharmoniker vincitore del Grammy Award 1998 for Best Small Ensemble Performance ed ai Concerti per pianoforte n. 2 op.37 e 3 op.19 di Beethoven con Martha Argerich e la Mahler Chamber Orchestra del 2000/2004 vincitori del Grammy Award per la Miglior interpretazione solista di musica classica con orchestra nel 2006.