Il Museo delle culture di Milano (Mudec) è un museo e polo espositivo inaugurato nel 2014, dedicato alla valorizzazione e alla ricerca interdisciplinare sulle culture del mondo. Nel Mudec hanno trovato collocazione i reperti e collezioni delle raccolte etnografiche e antropologiche del Comune di Milano. Gli spazi del museo costituiscono inoltre un polo espositivo per mostre ed eventi temporanei.

Il Museo Bagatti Valsecchi è una dimora storica ubicata nel quartiere Montenapoleone, nel centro di Milano. "Palazzo Bagatti Valsecchi", che ospita il museo, fu acquistato dalla Regione Lombardia nel 1975 ed è fra le più importanti e meglio conservate case museo d'Europa. Da ottobre 2008 è parte del circuito "Case Museo di Milano".

Il Grande Museo del Duomo di Milano, di proprietà della Veneranda Fabbrica, è ospitato all'interno del Palazzo Reale di Milano, in piazza del Duomo. Il Museo, con i suoi 2000 m² circa di superficie e le sue 26 sale, raccoglie il Tesoro del Duomo e le opere d'arte provenienti dalla cattedrale e dai depositi della Veneranda Fabbrica. I pezzi della raccolta sono collocati in un percorso cronologico che permette di scoprire le fasi di costruzione della cattedrale, dalla sua fondazione nel 1386 fino al XX secolo.

Il civico museo archeologico di Milano è un museo archeologico, con sede nell'ex-convento del Monastero maggiore di San Maurizio, dove si trovano le sezioni greca, etrusca, romana, barbarica e del Gandhara. La sezione preistorica ed egizia è ospitata presso il Castello Sforzesco.